对于企业面对税务机关书面纳税风险提醒函，企业应当慎重对待，冷静分析，客观处理，一般情况下可将税收风险按以下不同维度进行分类管理：

1、按申报内容分类，主要利用风险管理特征库对纳税申报表、税源申报表与财务报表审核，产生一些需要纳税人进一步解释说明确认的事项：

（1）数据勾稽关系不对；（2）计算错误；（3）申报内容错误；（4）应报未报；（5）对申报内容真实性、合规性存疑，需要核查备查资料。

2、按税种分析，根据数据库中行业参考值，分析纳税人指标值是否在行业合理区间，如果超过一定范围，也就是通常所说的预警值，风险管理系统会发出警告信息，需要纳税人进一步提供经营数据说明有没有少缴税款。如：

（1）增值税预警指标，通过企业三年数据相比，某年出现异常金额，会询问进项税转出额是否正确，有没有少转。对于销售额趋势分析，提醒有无少计销售额与销项税额。根据开票信息与取得发票信息比对，核实是否存在适用税目不当，错用低税率税目。是否存在视同销售情况。

（2）企业所得税预警指标，通过企业所得税申报表、财务报表趋势分析，财务指标分析，询问利润率偏低，是否少计应纳税所得，纳税调整是否完整，有无少调增。企业申报的职工薪酬、资产折旧、投资收益、资产损失、坏账准备等是否准确，有无多计；申报的税收优惠是否符合条件。

（3）房产税与税源表核对分析，需要企业回复房产原值是否准确，从价计征依据与从租计征依据对应的面积之和是否涵盖全部应税房产。地下建筑物是否申报缴纳房产税，转让房地产何时办理过户手续。

（4）土地使用税与税源表核对分析，自持土地使用权土地面积，转让土地使用权何时办理过户。

（5）个人所得税申报与全员申报表、企业所得税工资薪酬核对分析，需要企业回答是否全部申报个人所得税，有无虚增人员列支工资费用。

3、按发票取得情况，尤其是走逃失踪户开具的发票，要求纳税人确认是否已在税前列支，是否明知为取得虚开发票。对于有疑点的增值税专用发票，是否已申报抵扣，或者申报留抵退税，或者申报出口退税。

4、按风险等级大小，风险管理中低风险事项提示纳税人及时办理，消除风险，对于中风险事项，转入风险应对，要求纳税人提供资料进一步解释，或自查补税。对于高风险事项，涉嫌偷逃税款，虚开发票达到重大税收违法程度，应当移交稽查处理。

企业收到税务机关推送的风险提醒函，根据上述问题归类，按重要程度与风险等级区别处理：

1、对于申报不当存在的风险事项，一般认定为过失风险，按照正确申报要求予以更正申报，自查补交相应税款，滞纳金，一般不会罚款。

2、对于税收风险模型分析推送的疑点，企业应当还原风险模型的计算过程与结果，检验模型数据准确性。如果风险问题属实，企业应根据对相应税种的影响作出自查补税处理，或更正申报纳税调整额。对于风险问题不存在，一般需要提供资料予以证实释疑。

3、对于发票风险，如果是普通发票，企业应根据内部控制流程判断是否为真实业务，如果确是取得虚开发票，一般情况下，企业应当否认给予报销，并主动申报按不合规票据纳税调整已税前列支的成本费用，通常税务机关并不会过分追究是否已在账面列支，当然前提是企业没有提供取得发票已在账面列支的会计核算资料。如果企业承认取得发票已在账面列支，这种情况下，税务机关只能认定其违法行为，给予行政罚款，并对违法行业进行公示。对于取得税务机关认为是虚开的增值税专用发票，企业应当提供资料证明是善意取得，一般会避免被行政处罚，但也不会允许在企业所得税税前列支，同时不能进项税抵扣或留抵退税。

4、企业应自行判断税务机关推送的税收风险等级，如果是高风险事项，企业应当积极配合税务机关及时补交税款与罚款，争取在风险应对环节中处理完毕，避免被移交税务稽查，甚至移送司法机关。

慎对税务风险，理想状态是经营过程中在风险管理系统中没有任何疑点与风险，但这种情况并不会一直存在，企业发展到一定程度难免会有与众不同的地方，如在风险管理系统是被识别为异类而预警，无须紧张，只要认真对待，税务机关是能够理解企业经营活动的正当性。