1.未申报纳税
发生股权转让行为但不申报缴纳相应税款的，股权转让双方属于不缴应纳税款的偷逃国家税款行为，将会受到相应税务行政处罚，被投资企业若未履行报送材料的义务，亦有可能受到行政处罚。
2.股权转让价款存疑
根据实践经验，股权转让价款存疑可能表现为0元转让、1元转让、等额转让、企业盈利但转让价格不合理的折价转让、同一企业短期内股权转让存在较大差异等情形，若股权转让价款存疑，可能引发税务机关核定征收的情形。
《股权转让所得个人所得税管理办法（试行）》第十二条列举了股权转让收入明显偏低的六种情形：
（一）申报的股权转让收入低于股权对应的净资产份额的。其中，被投资企业拥有土地使用权、房屋、房地产企业未销售房产、知识产权、探矿权、采矿权、股权等资产的，申报的股权转让收入低于股权对应的净资产公允价值份额的；
（二）申报的股权转让收入低于初始投资成本或低于取得该股权所支付的价款及相关税费的；
（三）申报的股权转让收入低于相同或类似条件下同一企业同一股东或其他股东股权转让收入的；（四）申报的股权转让收入低于相同或类似条件下同类行业的企业股权转让收入的；
（五）不具合理性的无偿让渡股权或股份；
（六）主管税务机关认定的其他情形。
3.虚假申报纳税、提供资料不完整
纳税人存在虚假申报纳税，办理股权转让纳税或扣缴申报时提供的资料不完整，引发税务机关合理怀疑的将可能成为税务稽查重点对象，如不能提供完整且准确的股权原值证明材料；提供的股权转让合同内容可能引发偷逃税款合理怀疑的，如载明“双方实际股权转让价款以实际付款为准”等内容；依法应当进行资产评估但未能提供或拒不提供有效的资产价值评估报告的；股权转让价款明显偏低但不能提供有效的证明材料等情形