一、未申报纳税
发生股权转让行为但不申报缴纳相应税款的，股权转让双方属于不缴应纳税款的偷税行为，将会受到相应税务行政处罚，被投资企业若未履行报送材料的义务，亦有可能受到行政处罚。
1、股权受让方：
股权受让方作为签署股权转让协议的一方主体，依法属于印花税的纳税义务人应当依法申报并缴纳印花税，未计其申报应缴纳的受到补缴应纳税款并被处以罚款的行政处罚；
其同时作为股权转让出让方缴纳个人所得税的扣缴义务人，未履行扣缴义务，未按期申报的，根据《中华人民共和国税收征收管理法》及其实施细则有关规定将受到行政处罚，可能被处以未申报税款的罚款处罚。
2、股权出让方
股权出让方作为签署股权转让协议的一方主体，依法属于印花税的纳税义务人应当依法申报并缴纳印花税，未按期申报并缴纳的将受到补缴应纳税款并被处以罚款的行政处罚；
其同时作为股权出让方缴纳个人所得税的纳税义务人，未履行纳税申报义务，未按期缴纳税款的，将受到补缴相应税款并处以罚款的行政处罚。
3、被投资企业
被投资企业在其自然人股东发生变化时具有履行报送相关资料的义务，根据《股权转让所得个人所得税管理办法（试行）“第二十二条以及依照《中华人民共和国税收征收管理法》及其实施细则有关规定处理。
随着税收征收管理的深化改革，税务机关与工商部门逐步落实和充善股权信息交换制度，个人股权转让信息自动交互机制的广泛推行，纳税人想要通过不申报纳税逃避税款的目的是无法实现，否则将面临虽转让股权但不办理变更登记的法律风险。
二、股权转让价款存疑
根据实践经验，股权转让价款存疑可能表现为0元转让、1元转让、等额转让、企业盈利但转让价格不合理的折价转让、同一企业短期内股权转让存在较大差异等情形，若股权转让价款存疑，可能引发税务机关核定征收的情形。
三、虚假申报纳税、提供资料不完整
不能提供完整准确的股权原值证明材料；
提供的股权转让合同内容引发偷逃税款合理怀疑的，如载明“双方实际股权转让价款以实际付款为准”等内容；
依法应当进行资产评估但韦恩提供或拒不提供有限的资产价格评估报告的；
以及股权转让价款明显偏低但不能提供有效的证明材料等情形。
四、频繁股权转让行为
各地税务机关逐渐加强了个人股权转让的动态管理，同一自然人股东在一定期限内频繁发生股权转让行为或同一企业或关联企业的股权一定期限内频繁被转让的，将被识别并作为税务稽查重点对象。
五、企业发生注册资本变动
当企业发生注册资本变动时，可能涉及引入投资者导致注册资本增加亦可能通过资本公积转增股本，或企业减少注册资本时，可能引发自然人股东个人所得税纳税义务产生，因此当企业注册资本发生变化时，可能成为税务稽查的重点对象。
六、交易双方因股权转让发生纠纷
交易双方因股权转让事宜发生纠纷，引发诉讼或仲裁时，可能导致税务机关对该股权转让行为的重点关注。